München 1781: Nach seinem ersten Erfolg mit "La finta giardiniera" am Münchener Hoftheater erhält Mozart sechs Jahre später erneut den Auftrag, eine Oper für dieses Haus zu komponieren. Zwei Tage nach dem 25. Geburtstag des jungen Komponisten erfolgt die Uraufführung von "Idomeneo"; das Publikum empfindet das Dramma per musica allerdings als zu anspruchsvoll, und so verschwindet das Stück nach nur drei Aufführungen aus dem Spielplan. 1786 arbeitet Mozart "Idomeneo" für eine Wiener Inszenierung mit deutschem Text um, kann sich damit aber auch nicht durchsetzen. Viele Jahre taucht das Werk nur spärlich in den Spielplänen der Theater auf, bis die Salzburger Festspiele die Oper 1951 wieder ins Programm aufnehmen.
Wenn man heute die einfallsreiche und hochdramatische Musik hört, ist das lange Verschwinden kaum verständlich. Allerdings entsprechen die langen Rezitative und vielen Arien, die zum Teil ohne Schlußkadenzen komponiert sind und so direkten Anschluß an das folgende Stück haben, nicht der gängigen Praxis, da kein Applaus nach jeder Nummer möglich ist. Außerdem ist der ernste, heroische Stoff, der auf einer Geschichte aus Homers "Odyssee" basiert und von dem Librettisten Giambattista Varesco bearbeitet wurde, vielleicht mit dem antiken Prinzip der Nemesis, des gerechten, göttlichen Zorns, im Gegensatz zu den lustigen, menschlichen Mozart-Opern, zu fernab von jeder Realität angelegt.
Ilia, eine trojanische Prinzessin, lebt nach dem Sieg der Kreter über Troja als Gefangene des Königs Idomeneo auf Kreta, verliebt sich aber in dessen Sohn Idamante. Elettra, die nach ihrer Flucht aus ihrer Heimat ebenfalls auf der Insel lebt, ist Idamante aber als Braut versprochen und dementsprechend eifersüchtig. Idomeneo gerät mit seiner Schiffsflotte in ein fürchterliches Unwetter und verspricht dem wütenden Meeresgott Neptun im Tausch für die Rettung das erste Wesen, das er wieder an Land erblickt, als Opfer. Unglücklicherweise ist dies sein eigener Sohn Idamante, den Idomeneo daraufhin gemeinsam mit Elettra aus dem Land fortschicken will, um der göttlichen Strafe bei Nichteinlösung des Versprechens zu entgehen. Doch Neptun bemerkt den Schwindel und tobt; er besteht auf sein Opfer. Als Idamante sich dazu bereit erklärt, hält Ilia den tödlichen Hieb durch Idomeneo auf und bietet an, für ihn zu sterben. Daraufhin ertönt eine göttliche Stimme und verkündet, daß von nun an Idamante und Ilia gemeinsam über Kreta herrschen sollen. Elettra verläßt wütend die Insel, und Idomeneo gibt seine Königskrone an seinen Sohn ab. Die menschliche Selbstbestimmung siegt über die Pflicht gegenüber den Göttern, der Geist der Aufklärung über den Aberglauben.
Zur Geschichte des Kreterkönigs, der seinen Sohn den Göttern zu opfern gelobte, schrieb Mozart eine unerhört kühne Musik. Eine ähnliche Farbigkeit, schreibt der Mozart-Forscher Alfred Einstein, sei später allenfalls noch von Berlioz erreicht worden. Denkt man an das wunderbar verinnerlichte und empfindsame Quartett, das in der Geschichte der Opera seria das erste große Ensemble darstellt, oder an die sinnliche Kantabilität der Arien und die Schlagkraft der Chöre, kann man verstehen, warum Mozart selbst den "Idomeneo" unter all seinen Werken am meisten hochgehalten und geliebt haben soll.
Die Salzburger Festspiele präsentierten im Rahmen des Projekts "Mozart22" das Meisterwerk in einer Inszenierung von Ursel und Karl-Ernst Herrmann aus dem Jahr 2000, die im Haus für Mozart neueinstudiert wurde - vom "Herrmannschen Wundertheater" war damals in den Kritiken die Rede.