Seit ihrer Gründung 1893 bereichern die Münchner Philharmoniker unter renommierten Dirigenten das musikalische Leben Münchens. Bereits in den Anfangsjahren des Orchesters garantierten Dirigenten wie Hans Winderstein und Felix Weingartner hohes spieltechnisches Niveau. Gustav Mahler dirigierte das Orchester bei den Uraufführungen seiner Vierten und Achten Symphonie, und im November 1911 gelangte unter Bruno Walters Leitung Mahlers „Lied von der Erde" zur Uraufführung. Ferdinand Löwe leitete die ersten Bruckner-Konzerte und begründete die Bruckner-Tradition des Orchesters, die von Siegmund von Hausegger und Oswald Kabasta glanzvoll fortgeführt wurde.
Nach dem Zweiten Weltkrieg eröffnete Eugen Jochum das erste Konzert mit der „Sommernachtstraum"-Ouvertüre von Felix Mendelssohn Bartholdy, und kurz darauf gewannen die Philharmoniker mit Hans Rosbaud einen herausragenden Orchesterleiter, der sich zudem leidenschaftlich für die Neue Musik einsetzte. Sein Nachfolger war von 1949 bis 1966 Fritz Rieger, in dessen Amtszeit die Grundlagen für die erfolgreiche Jugendarbeit der Philharmoniker gelegt wurden. In der Ara Rudolf Kempes (1967-1976) bereisten die Philharmoniker erstmals die damalige UdSSR.
1979 leitete Sergiu Celibidache seine erste Konzertserie bei den Münchner Philharmonikern und wurde im Juni desselben Jahres zum Generalmusikdirektor ernannt. Die legendären Bruckner-Konzerte trugen wesentlich zum internationalen Ruf des Orchesters bei. Von 1999 bis 2004 leitete James Levine als Chefdirigent die Münchner Philharmoniker, die im Frühjahr 2003 vom Deutschen Musikverleger-Verband den Preis für das „Beste Konzertprogramm der Saison 2002/2003" erhielten. Im Januar 2004 ernannten die Münchner Philharmoniker Zubin Mehta zum ersten Ehrendirigenten in der Geschichte des Orchesters.
Generalmusikdirektor Christian Thielemann pflegte in seiner siebenjährigen Amtszeit die Münchner Bruckner-Tradition ebenso wie das klassisch-romantische Repertoire. Maßstabsetzende Höhepunkte bildeten die szenischen Aufführungen der beiden Opern „Der Rosenkavalier" und „Elektra" von Richard Strauss in Baden-Baden.
Mit Beginn der Saison 2012/2013 wurde Lorin Maazel Chefdirigent der Münchner Philharmoniker. Während seiner Amtszeit legte er den Fokus seiner Arbeit auf eine Erweiterung des Repertoires und eine Flexibilisierung des Klangs. Seit der Spielzeit 2015/16 ist Valery Gergiev Chefdirigent der Münchner Philharmoniker.